１～18各巻あらすじ
1巻
迷宮都市オラリオ──『ダンジョン』壮大な地下迷宮を保有する巨大都市。未知という名の興奮、輝かしい栄誉、そして可愛い女の子とのロマンス。人の夢と欲望全てが息を潜めるこの場所で、少年は一人の小さな「神様」に出会った。 「よし、ベル君、付いてくるんだ！ 【ファミリア】入団の儀式をやるぞ！」「はいっ！ 僕は強くなります！」 どの【ファミリア】にも門前払いだった冒険者志望の少年と、構成員ゼロの神様が果たした運命の出会い。 これは、少年が歩み、女神が記す、──【眷族の物語（ファミリア・ミィス）】
ダンジョンに出会いを求めるのは間違っているだろうか(GA文庫)筋書きより
ダンジョン５階層。
ダンジョンでミノタウロスに襲われたベル。必死にみっともなく逃げたベルは【剣姫】に助けられた。【剣姫】アイズ・ヴァレンシュタイン。その日から彼の憧憬は…。
怪物祭で暴れだしたモンスターがベルを追いかけてくる？街中で討伐することに！
２巻
〈サポーター〉のリリと出会い、ベルの冒険は更に進んでいく！しかしリリの所属：ソーマ・ファミリアはきな臭い。人も神をも酔わせ、狂わせる〈神酒〉の存在に・・・
そしてある日、ベルが拾った本は魔導書だった。ベル特有の速攻魔法『ファイアボルト』を発現する。
３巻
【ロキ・ファミリア】の遠征まで憧れのアイズと特訓！急速に上昇するステータス。【フレイヤ・ファミリア】オッタルが鍛えたミノタウロスと死闘を繰り広げ勝利する。ついにベルは…
個人的超おすすめ！
4巻
世界最速でレベル2へランクアップ。【リトル・ルーキー】の二つ名を得る。
【ヘファイストス・ファミリア】所属の鍛冶師、ヴェルフと専属契約を結びパーティに。ついに中層へ！
5巻
中層にて【タケミカヅチ・ファミリア】の面々による怪物進呈を受け絶体絶命！18階層『迷宮の楽園』に辿り着き、遠征からの帰還途中である【ロキ・ファミリア】に救われる。
さあ帰るだけのはずが、、、また異常事態、安全地帯に現れた階層主：ゴライアスを、救援に来た【タケミカヅチ・ファミリア】やリューとアスフィ、リヴィラの街の冒険者達と共に討伐する。
6巻 (アニメ２期～)
【アポロン・ファミリア】の主神アポロンに見初められてしまい計略にはめられた結果、『戦争遊戯』を行うことになる。戦争までティオナとアイズによる特訓を受ける。
計略と激戦の末【アポロン・ファミリア】のヒュアキントスとの一騎打ちに勝利！
【アポロン・ファミリア】の全財産を獲得した【ヘスティア・ファミリア】は巨大なホームを手に入れる。
7巻
レベル3へランクアップ！
命達と同じ東の国の狐人の春姫は美の神【イシュタル・ファミリア】に囚われていた。なにやら殺生石と関係があるようで？
春姫奪還の為【イシュタル・ファミリア】を襲撃、【フレイヤ・ファミリア】の参戦もあり、春姫の救出に成功する。
8巻（日常編）
軍神アレスが大軍を率いてオラリオを襲撃？！ヘスティア様が攫われる！
「オレが、ガネーシャだ！！！！」
これはヘスティアとベル、神と人の愛の物語。
本編からちょっと逸れたほっこりした日常
9巻 (アニメ３期～)
「喋るモンスター？」異端児と呼ばれる竜女の少女を保護し、ウィーネと名付ける。
【ヘスティア・ファミリア】が保護するが、モンスターは地上では生きられない。
20階層で他の異端児達と出会いウィーネを託し、友達になる。
10巻
異端児達が暴走した？ベルたちは真相を突き止める為パーティーに潜入する。
混乱の原因、人造迷宮の【イケロス・ファミリア】のディックスと戦い追い詰めるが、ウィーネを暴走させられてしまう。
地上に出て暴走するウィーネ。ベルは【ロキ・ファミリア】を攻撃してしまい？
ベルは『英雄』から『人類の敵』になってしまうのか……
11巻
異端児達をダンジョンへ帰還させる作戦を決行！アイズと対立するが、ウィーネの決意を聞いたアイズは…。
神ヘルメスの策略により暴走する異端児達。彼らを信じるベルはただ手を広げて彼らを待つ。
再戦を願うアステリオスとの決闘で敗北。
12巻 (アニメ４期～)
レベル4へランクアップ！
ギルドからの強制任務
【ヘスティア・ファミリア】、アイシャ、【タケミカヅチ】の桜花と千草、【ミアハ】のダフネとカサンドラ、で下層へ。
強化種と戦うも罠に嵌まり、『巨蒼の滝』に落ちてしまう。
落ちた先でイグアスの大量発生。異常事態にたった一人で立ち向かう。
満身創痍のベルは異端児である人魚のマリィと出会う。
モス・ヒュージと再戦。新技聖火の英斬で討伐する！
13巻
下層からやっと帰還できたと思えばそれは束の間の休息だった。
18階層リヴェラの街で【疾風】リューが殺人？
恩人の真相を突き止める為、ベルはリュー討伐パーティーに。しかしベルが見たものは満身創痍の冒険者に刀を振り上げ、復讐に心を染めたリューだった。
ダンジョンを破壊し尽くした彼らは迷宮の『厄災』を呼び起こしてしまう。下層は絶望に包まれた。
14巻
リューがかつて過ごした【アストレア・ファミリア】。もう私に『正義』はありません。失った日々と友を想い、生還を諦めかけているリュー。
深層に落ちたベルとリュー、マップすら分からない中、地上への生還を目指すが…？
深層の脅威と『厄災』が二人を苛む。
一方ベルとはぐれたリリ達一行はベルを救出に向かっていた。が、下層の階層主『アンフェス・バエナ』が予想外の復活を遂げていた。
ついにヴェルフの鍛冶も進化する。
15巻(日常編)
無事地上への帰還を果たしたベル達パーティー。普段の日常
16巻
シルとデートをすることになったベル。
驚きの連続だったが、何かシルには事情があるようで。
“「全ては女神のために。――死ね、娘」”
シルは出会ったその時からシルでありシルではなかった。
17巻
決して『魅了』されることのないベル。ベルが欲しい『フレイヤ』
彼女はベルを手に入れる為、オラリオ全域を『魅了』した。
ベルは【フレイヤ・ファミリア】に捕らえられ、しごかれる。
全ての住民が、ベルを【フレイヤ・ファミリア】だといい、リリやヴェルフさえもベルを否定する。
処女神ヘスティアにして竈の女神は立ち上がる！
「ひれ伏しなさい」
これは少年が堕ち、美神が騙る、
ダンジョンに出会いを求めるのは間違っているだろうか(GA文庫)17巻あらすじより
──【眷族の偽典（ファミリア・ミィス）】──
18巻
ヘスティアの『神性』により混乱に終止符が打たれた
そして始まる『フレイヤｖｓ派閥連合』
エインヘリヤルの裏切り。猛者vsベル。ベルを目にした神フレイヤは…泣いてしまう。
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